El área de investigación de la CCJ cuenta con un equipo interdisciplinar que cumple, en general, cinco tareas clave:
- Realizar un monitoreo a las vulneraciones o amenazas de los derechos humanos y a las infracciones al derecho internacional humanitario en Colombia, analizando su contexto mediante la formulación de preguntas guía cómo ¿Qué estaba pasando cuando ocurrió el hecho? ¿Cuáles intereses estuvieron en juego? y ¿Cómo lo ocurrido fue funcional a proyectos o actores concretos?
- Aplicar enfoques y metodologías diferenciadas de acuerdo a cada caso, investigando el estado de garantía, protección o vulneración a los derechos humanos.
- Asesorar, orientar y diseñar lineamientos temáticos y metodológicos, desde la primera etapa de planeación o ideación, pasando por el momento de generación de un nuevo producto de investigación.
- Desde 1996, se viene sistematizando información relevante en una Base de Datos de Violencia Sociopolítica, que también es una de las herramientas utilizadas en las anteriores tareas.
- Construir una amplia tipología de documentos de investigación como: reportes, artículos, notas de prensa, boletines, cartillas para públicos diversos, infografías e informes técnicos dirigidos a instituciones nacionales o internacionales, Organizaciones No Gubernamentales y a la población en general.