El área de incidencia nacional se encarga de interactuar con instancias tanto jurídicas como políticas de la vida nacional, para promover, defender y visibilizar los derechos humanos, los derechos de las víctimas del conflicto y los derechos fundamentales de la ciudadanía.
Así mismo, procura interactuar en el debate público nacional a través de documentos de trabajo, columnas y asistencia a eventos y discusiones en las cuales la perspectiva constitucional y de derechos humanos puede fortalecer la discusión. El área se destaca por realizar acciones públicas de inconstitucionalidad e intervenir en procesos de índole constitucional donde se requiere una visión comprometida con el discurso y la cultura de los derechos humanos.
El área de incidencia, adicionalmente, realiza esta misma tarea frente a otras autoridades judiciales como el Consejo de Estado o la Corte Suprema de Justicia, también ante jueces y tribunales en el territorio nacional. El área también se encarga de interactuar con el Congreso de la República, para emitir conceptos e intervenir en el trámite legislativo, también para ofrecer un punto de vista que consulte el interés de extender y promover los derechos humanos. Estas tareas se realizan en articulación con otras áreas de la Comisión Colombiana de Juristas y con otras organizaciones de la sociedad civil interesadas en promover agendas de protección de comunidades vulnerables.