Boletín #89 del Observatorio sobre la JEP
La Sección de Primera Instancia para casos de ausencia de reconocimiento de verdad y responsabilidad de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) profirió la primera sentencia, mediante Juicio Adversarial Transicional, al condenar a 20 años de prisión al coronel retirado Publio Hernán Mejía Gutiérrez por crímenes de guerra y de lesa humanidad cometidos en el marco de ejecuciones extrajudiciales y desapariciones forzadas presentadas ilegítimamente como bajas en combate.
Esta decisión marca un hito en la justicia transicional colombiana, no solo por tratarse del primer fallo en un proceso adversarial, sino porque fija estándares relevantes sobre responsabilidad penal individual, macrocriminalidad, autoría mediata y sanción ordinaria dentro del Sistema Integral para la Paz.
Es importante recordar que el modelo de justicia transicional de la JEP no reproduce las reglas de la justicia penal ordinaria, sino que articula momentos dialógicos con escenarios de litigio, bajo estándares probatorios diferenciados. Cuando los comparecientes reconocen responsabilidad, el proceso se orienta hacia la construcción compartida de verdad y la imposición de sanciones propias. En cambio, en los eventos en que no existe aceptación, como ocurre en el caso de Publio Hernán Mejía, la ausencia de reconocimiento activa una fase de definición contenciosa de la responsabilidad, en la que la verdad y la atribución jurídica deben ser establecidas a través de un debate probatorio pleno[1].
En ese orden de ideas, se puntualiza que, cuando un caso pasa a la fase adversarial, la exigencia probatoria es elevada[2]. Por ello, para poder determinar una condena, la JEP debe derrumbar la presunción de inocencia y verificar la responsabilidad penal más allá de toda duda razonable. Esto implica un grado de convicción racional alto, construido a partir de pruebas válidas, debatidas y valoradas de manera conjunta. Solo cuando no subsisten dudas razonables derivadas de insuficiencia o contradicción probatoria, es posible proferir una sentencia condenatoria.
Para comprender el contexto procesal y los antecedentes de este caso, se recomienda consultar los siguientes boletines del Observatorio sobre la JEP de la Comisión Colombiana de Juristas:
El proceso adversarial en la JEP (Boletín No. 47)
El caso de Publio Hernán Mejía en la JEP (Boletín No. 80)
En este sentido, la condena contra Publio Hernán Mejía adquiere un valor particular: se trata de una decisión adoptada tras un juicio adversarial pleno, en el que la JEP consideró probado, más allá de toda duda razonable, tanto la existencia del patrón de macrocriminalidad como la responsabilidad penal del acusado.
En este contexto, es relevante precisar que, en escenarios de macrocriminalidad, no es suficiente acreditar la responsabilidad de manera aislada. La determinación penal exige, como presupuesto previo, la comprobación de la existencia de un patrón macrocriminal, es decir, de un conjunto sistemático y reiterado de conductas que responden a una lógica organizacional y no a hechos desconectados. Solo una vez establecido ese marco estructural, es posible analizar el aporte concreto del acusado, su posición dentro del aparato organizado y el dominio funcional del hecho. De esta manera, la responsabilidad individual se comprende como parte de un fenómeno criminal más amplio, cuya acreditación resulta indispensable para calificar las conductas como crímenes de guerra o de lesa humanidad.
El caso: ejecuciones extrajudiciales en el Batallón La Popa
Según la sentencia, el Batallón de Artillería No. 2 “La Popa” no era una unidad aislada ni marginal. Era una unidad militar clave en la región Caribe, con presencia en el Cesar y La Guajira, y hacía parte de una estructura jerárquica claramente definida del Ejército Nacional.
Entre 2002 y 2003, ese Batallón dependía de la Segunda Brigada, del Comando Operativo No. 7, y en última instancia de la Primera División del Ejército. Es decir: tenía superiores, planes, órdenes y controles.
Para la JEP, lo ocurrido en La Popa no puede explicarse como excesos individuales. Los crímenes se cometieron dentro de una estructura organizada, con unidades, compañías, inteligencia, operaciones y cadenas de mando funcionando de manera regular. Es decir que, lo que pasó en el Batallón La Popa ocurrió dentro del aparato formal del Estado, no por fuera de él. Y esa es la razón por la cual la JEP analiza estos hechos como parte de un patrón de macrocriminalidad, y no como hechos aislados.
Justamente se precisa que, entre 2002 y 2003, cuando Publio Hernán Mejía se desempeñó como comandante del Batallón de Artillería No. 2 “La Popa”, se cometieron 35 hechos que dejaron 72 personas asesinadas, algunas de ellas desaparecidas forzadamente y torturadas, en el norte del Cesar y el sur de La Guajira.
Las víctimas fueron principalmente campesinos, integrantes de comunidades indígenas y afrodescendientes, y jóvenes en situación de vulnerabilidad económica, presentados falsamente como combatientes dados de baja en combate. Para la JEP, estos crímenes no fueron hechos aislados, sino que respondieron a un patrón de macrocriminalidad orientado a inflar de manera ficticia los resultados operacionales.
La constatación de un patrón macrocriminal y el aparato ilegal organizado de poder y alianzas criminales
El patrón macrocriminal
La sentencia parte de una comprensión amplia de la macrocriminalidad como un fenómeno asociado a la comisión de crímenes graves, masivos y sistemáticos, que no pueden ser entendidos ni investigados como hechos aislados. Desde esta perspectiva, la JEP reitera que el análisis macrocriminal exige la construcción de un contexto que permita identificar similitudes en los modus operandi, la selección de víctimas, los marcos territoriales y las finalidades perseguidas, así como las políticas o planes que hicieron posible la reiteración de las conductas.
En línea con su jurisprudencia y con los desarrollos del derecho penal transicional[3], la sentencia destaca que la investigación de patrones de macrocriminalidad responde a los límites estructurales del modelo caso a caso frente a crímenes de sistema. El enfoque por patrones permite reconstruir la lógica organizativa de la violencia, comprender cómo se crearon y sostuvieron escenarios propicios para la comisión de los crímenes, y orientar la atribución de responsabilidad hacia quienes tuvieron una participación determinante en su diseño, dirección o ejecución.
La Sección de Primera Instancia para Casos de Ausencia de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad subrayó que un patrón de macrocriminalidad se configura a partir de la repetición no accidental de conductas similares, atendiendo a elementos cualitativos y cuantitativos, sin que sea necesario un número específico de hechos para su constatación. Incluso muestras limitadas pueden resultar indicativas de un patrón, dependiendo del contexto, el territorio y la estructura del grupo responsable. En este sentido, el análisis se centra en la identificación de motivaciones, objetivos, políticas o planes preconcebidos, así como en prácticas comunes y reiteradas que evidencian una violencia sistemática o generalizada.
Asimismo, la sentencia reafirmó que la identificación de patrones cumple una función central en la justicia transicional: no solo orienta los criterios de priorización y selección, sino que constituye una condición para garantizar los derechos de las víctimas a la verdad, la justicia y la no repetición. Solo a partir del análisis de estructuras y patrones, y no del estudio fragmentado de hechos individuales, es posible comprender la magnitud de los crímenes de sistema, delimitar aquello que no puede ser objeto de amnistía y establecer responsabilidades penales en contextos de violencia organizada.
Finalmente, la Sección concluyó que el marco constitucional, legal y jurisprudencial que rige a la JEP impone como exigencia ineludible la investigación desde patrones de macrocriminalidad, pues este enfoque permite develar la lógica criminal subyacente, identificar los máximos responsables y ofrecer una respuesta judicial acorde con la gravedad, sistematicidad y representatividad de los crímenes cometidos en el conflicto armado.
Un ilegal aparato organizado de poder y las alianzas criminales
La Sección concluyó que, durante la comandancia de Publio Hernán Mejía Gutiérrez en el Batallón de Artillería No. 2 “La Popa”, se estructuró y puso en funcionamiento un Ilegal Aparato Organizado de Poder (IAOP) destinado a la comisión sistemática de asesinatos y desapariciones forzadas, posteriormente presentados como resultados operacionales legítimos.
Este aparato no operó al margen de la organización militar, sino que se valió de la estructura formal del Ejército, aprovechando la jerarquía, la disciplina y la cadena de mando para ejecutar crímenes bajo una apariencia de legalidad. La sentencia estableció que el IAOP contaba con una estructura funcional definida, en la que cada integrante cumplía un rol específico orientado a garantizar la producción de bajas en combate, la simulación de enfrentamientos armados y la legalización posterior de las operaciones.
Un elemento central del IAOP fue la conformación y uso de pelotones especiales, como Zarpazo y Trueno, que contaban con condiciones operacionales preferenciales, incluyendo el mejor armamento del batallón, mayor movilidad y acceso directo a la comandancia. Aunque formalmente integrados a compañías regulares, en la práctica estos pelotones recibían órdenes operativas directas del comandante del batallón y del oficial de operaciones, lo que debilitaba los controles internos y facilitaba su utilización para fines ilegales.
La Sección acreditó que las acciones ejecutadas por estas unidades especiales no se regían por procedimientos y reglas operacionales decantadas en la doctrina. En múltiples ocasiones, las órdenes de operaciones fueron elaboradas y firmadas de manera posterior a los hechos, con base en los relatos de los comandantes de pelotón, con el fin de otorgar una apariencia de legalidad a actuaciones ya consumadas. Esta práctica fue conocida por la comandancia y tolerada como parte del funcionamiento ordinario del batallón.
Asimismo, el IAOP se sostuvo mediante una lógica de fungibilidad de sus integrantes, en la que la continuidad del aparato no dependía de personas específicas, sino del cumplimiento funcional de los objetivos criminales. La sentencia evidenció que los miembros que cuestionaban las órdenes o intentaban ejercer controles operacionales eran removidos de sus cargos y reemplazados sin afectar el desarrollo de las actividades ilegales.
Otro rasgo distintivo del IAOP fue la transmisión informal y reiterada del modus operandi, a través de la cual los soldados y mandos con mayor antigüedad instruían a los nuevos integrantes sobre la forma en que debían obtenerse los resultados operacionales. De esta manera, la presentación de asesinatos como bajas en combate se naturalizó y se integró al funcionamiento cotidiano del batallón.
Con base en el acervo probatorio, la Sección determinó que el IAOP operó de manera sistemática, organizada y continua, sin necesidad de órdenes directas para cada crimen, pues las prácticas ilegales se encontraban institucionalizadas y eran conocidas por quienes integraban la estructura. En consecuencia, concluyó que el Ilegal Aparato Organizado de Poder fue el medio a través del cual se ejecutaron graves violaciones a los derechos humanos y al derecho internacional humanitario en el área de influencia del Batallón La Popa.
Estas prácticas estuvieron atravesadas por la doctrina del enemigo interno[4], incentivos institucionales ligados a resultados operacionales y una sistemática manipulación de documentos e investigaciones, lo que garantizó durante años la impunidad de los crímenes.
La responsabilidad de Publio Hernán Mejía
La JEP concluyó, más allá de toda duda razonable, que el coronel (r) Publio Hernán Mejía Gutiérrez es responsable de los crímenes de homicidio en persona protegida, desaparición forzada y tortura, cometidos en el marco de un patrón sistemático de macrocriminalidad durante su comandancia del Batallón de Artillería No. 2 “La Popa” (2002–2003). Estas conductas fueron calificadas como crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad.
La Sección enfatizó que su participación no fue marginal ni pasiva, sino estructural, decisiva y determinante, al haber diseñado, impulsado y sostenido un Ilegal Aparato Organizado de Poder (IAOP) y una alianza criminal con el frente Mártires del Cesar de las AUC, orientadas a la producción de resultados operacionales falsos.
Responsabilidad objetiva: creación y realización de un riesgo antijurídico
Desde el punto de vista objetivo, la JEP estableció que el procesado creó, incrementó y materializó riesgos jurídicamente prohibidos, que derivaron en graves violaciones a los derechos humanos y al DIH. En particular, destacó:
Responsabilidad subjetiva: dolo y dominio del hecho
En el plano subjetivo, la JEP concluyó que el procesado actuó con pleno conocimiento y voluntad, y lo declaró coautor mediato bajo la modalidad de dominio de la voluntad en aparatos organizados de poder. Para ello, resaltó:
La sentencia subraya que estos crímenes están tipificados en el Código Penal colombiano y constituyen también crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad, conforme al Estatuto de Roma. De manera relevante, la JEP afirmó que la responsabilidad del condenado no dependía de su presencia directa ni de la emisión de órdenes explícitas, sino del control ejercido sobre el aparato organizado de poder y del funcionamiento sistemático del patrón criminal.
¿Qué sanción va a recibir el coronel (r) Publio Hernán Mejía?
La JEP impuso a Publio Hernán Mejía Gutiérrez la sanción ordinaria máxima prevista en esta jurisdicción: veinte (20) años de prisión efectiva, por crímenes de guerra y de lesa humanidad. La decisión fue adoptada tras un proceso de definición contenciosa de la responsabilidad ante el Tribunal para la Paz, en el que el compareciente fue declarado culpable. Con esta sentencia, quedaron sin efectos las condenas previas proferidas por la justicia ordinaria y se unificaron definitivamente los procesos por estos hechos en la jurisdicción transicional.
La JEP reiteró que la potestad sancionatoria constituye un elemento esencial de la función jurisdiccional y debe ejercerse conforme a los principios de legalidad, dignidad humana y proporcionalidad. En el marco de la justicia transicional, la sanción no se concibe únicamente como castigo, sino como un mecanismo orientado a satisfacer los derechos de las víctimas y contribuir a la consolidación de la paz, integrando componentes retributivos y restaurativos.
En este caso, al no haberse configurado un reconocimiento de verdad ni de responsabilidad que habilitara la imposición de sanciones propias o alternativas, la Jurisdicción aplicó el régimen ordinario, previsto en el artículo 143 de la Ley Estatutaria de la JEP. Para determinar la cuantía de la pena, valoró la gravedad excepcional de los crímenes (homicidios, desapariciones forzadas y tortura cometidos de manera sistemática contra población civil), la multiplicidad de víctimas, el rol de mando efectivo del responsable y la ausencia de aportes significativos a la verdad, la reparación o las garantías de no repetición, lo que condujo a imponer la pena máxima prevista en este régimen.
Este fallo reafirma que la JEP no es un escenario de impunidad, y que quienes no reconocen verdad ni responsabilidad pueden ser sometidos a juicios plenos con sanciones privativas de la libertad.
Órdenes en favor de las víctimas y garantías de no repetición
La sentencia incorpora un conjunto amplio de órdenes orientadas a la reparación y a la no repetición. Entre ellas, se ordenó al Ministerio de Defensa revocar las condecoraciones otorgadas al condenado, realizar un acto público de perdón en Valledupar y publicar apartados centrales de la sentencia en medios nacionales y locales.
Asimismo, se dispuso la inscripción de víctimas indirectas en el Registro Único de Víctimas, la activación de medidas de reparación material, acciones de búsqueda e identificación de personas desaparecidas, y la incorporación obligatoria del contenido de la sentencia en los programas de formación en derechos humanos y DIH de las Fuerzas Militares.
La JEP también ordenó compulsar copias para investigar posibles responsabilidades de funcionarios judiciales y otros mandos militares, lo que amplía el alcance del proceso y refuerza el principio de no repetición.
Alcances y retos de la decisión
Esta sentencia constituye un precedente fundamental para el funcionamiento del modelo adversarial en la JEP y para la articulación entre justicia transicional y estándares del derecho penal internacional. No solo consolida criterios sobre macrocriminalidad, autoría mediata y responsabilidad de mando, sino que reafirma que el Sistema Integral para la Paz cuenta con herramientas efectivas para sancionar crímenes internacionales cuando no existe reconocimiento de verdad ni responsabilidad.
Al mismo tiempo, la decisión plantea retos relevantes en términos de coherencia institucional y articulación con el componente restaurativo del sistema. Dado que el procedimiento adversarial tiene una naturaleza predominantemente retributiva, su activación implica que el énfasis del proceso se desplaza hacia la determinación de responsabilidad y la imposición de una pena privativa de la libertad. Esto genera un desafío adicional para la justicia restaurativa: garantizar que, aun en ausencia de reconocimiento voluntario, se adopten medidas que contribuyan de manera efectiva a la satisfacción integral de los derechos de las víctimas.
Desde la perspectiva de las víctimas, el fallo representa un avance significativo en el reconocimiento judicial de la verdad y en la atribución de responsabilidades individuales en contextos de macrocriminalidad. Sin embargo, persisten interrogantes sobre la implementación material de las medidas ordenadas, el seguimiento efectivo a su cumplimiento y su capacidad real para incidir en la transformación de las prácticas institucionales que hicieron posibles estos crímenes.
En ese sentido, el desafío no se agota en la imposición de la sanción ordinaria, sino que se proyecta hacia la garantía de no repetición y hacia la consolidación de una respuesta integral que articule de manera consistente los componentes retributivo y restaurativo del Sistema Integral para la Paz.
>[1] En la sentencia, la JEP aclara que en este modelo adversarial que no se realizan audiencias de imputación ni de acusación, y que el proceso se desarrolla principalmente a través de traslados escritos, en los que se garantiza el descubrimiento probatorio, la contradicción de las pruebas y la presentación de solicitudes y oposiciones, las cuales se resuelven en la audiencia preparatoria. Este diseño busca asegurar el debido proceso y el equilibrio entre las partes dentro de la jurisdicción transicional.
[2] En el modelo procesal de la JEP, los estándares de prueba varían según la fase y el tipo de procedimiento. En la fase dialógica, cuando existe reconocimiento de verdad y responsabilidad, la atribución se realiza con base en el estándar de unas bases suficientes para entender que la conducta existió, que el compareciente participó en ella y que corresponden a hechos no amnistiables. En contraste, cuando el caso transita a la fase adversarial por ausencia de reconocimiento, la Jurisdicción debe derrumbar la presunción de inocencia aplicando el estándar de “más allá de toda duda razonable”, lo que exige un grado de convicción racional más alto, sustentado en pruebas válidamente incorporadas, debatidas y valoradas de manera conjunta.
[3] La sentencia sustenta este enfoque en marco normativo y jurisprudencial. En particular, retoma (i) el artículo 15 y 16 del Decreto 3011 de 2013 (reglamentario de la Ley 975 de 2005 y modificado por la Ley 1592 de 2012), que definen el contexto y el patrón de macrocriminalidad; (ii) la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia, rad. 45463, SP16258-2015 (25 de noviembre de 2015), sobre investigación de fenómenos macrocriminales; (iii) la Sentencia C-579 de 2013 y la C-007 de 2018 de la Corte Constitucional, relativas a priorización, selección y crímenes de sistema en contextos de justicia transicional; (iv) la jurisprudencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos.
[4] La Sentencia en comento explica que la categoría de “enemigo interno” es “(...)utilizada para identificar a personas, grupos o actores considerados contrarios a dichos objetivos estatales”. Párrafo 375. Aquí se señala que dicha categoría operó como un marco doctrinal que orientó la acción estatal hacia la identificación de amplios sectores de la población como potenciales amenazas a la seguridad. Bajo esta lógica, se promovieron procesos de militarización territorial, la declaración de zonas especiales de orden público y la realización de operaciones cívico-militares enfocadas en la obtención de información. En coherencia con ese enfoque, se produjo una subordinación funcional de la actividad policial a las prioridades de la estrategia militar, reforzando una visión de seguridad centrada en la confrontación y el control.
[5] Como comandante del batallón, tenía control jerárquico, operativo y funcional sobre las tropas, los informes y los resultados militares, lo que intensificaba su deber de prevención, control y corrección.
[6] Utilizó la estructura formal del Ejército para conformar una organización ilegal orientada a asesinar, desaparecer y torturar civiles, presentando los crímenes como bajas en combate.
[7] Las muertes no ocurrieron en operaciones militares legítimas, sino en escenarios ajenos al combate, y luego fueron encubiertas mediante documentos oficiales (órdenes de operación, informes, radiogramas).
[8] Promovió estímulos económicos, simbólicos e institucionales para fomentar la producción de bajas, consolidando un entorno funcional propicio para el crimen.
[9] Facilitó y promovió la colaboración con el frente Mártires del Cesar de las AUC, fortaleciendo su accionar y exponiendo a la población civil a riesgos extremos y previsibles.
[10] Sabía que las conductas no correspondían a operaciones militares legítimas y que las víctimas eran civiles protegidos.
[11] Comprendió y aceptó que el esquema criminal produciría homicidios, desapariciones y torturas, y aun así decidió impulsarlo y mantenerlo.
[12] Tenía la capacidad real de autorizar, modificar o impedir las actuaciones, pero optó por permitirlas y promoverlas.
[13] Aunque en etapas posteriores redujo su intervención directa, la estructura operaba conforme a directrices previamente impuestas, sin que ello implicara pérdida de dominio sobre el curso de los hechos.
[14] La coordinación con las AUC y con los integrantes del IAOP respondió a un acuerdo común, orientado a obtener beneficios institucionales y personales mediante resultados operacionales ficticios.
[15] Gravedad de los crímenes (homicidios, desapariciones forzadas y tortura); número de hechos y víctimas (35 hechos con 72 víctimas. Muchas de ellas civiles, campesinos y personas en situación de vulnerabilidad; Patrón de macrocriminalidad (conductas sistemáticas, reiteradas y prolongadas en el tiempo); Posición de mando responsable (actuó como comandante del batallón y abusó de su autoridad); Intencionalidad dolosa (conocimiento pleno de la ilicitud y orientación deliberada de la estructura militar hacia la comisión de crímenes; Ausencia total de aportes a la verdad, la reparación y las garantías de no repetición.
